| Adamello |
| Adda |
| Alpi Retiche |
| Alta Val Camonica |
| Alta Val Chiavenna |
| Alta Valtellina |
| Alto Garda bresciano |
| Altopiano di Cariadeghe |
| Aprica - Mortirolo |
| Basso corso del Fiume Secchia |
| Basso corso del torrente Staffora |
| Boschi dell'Olona e del Bozzente |
| Boschi di Astino e dell'Allegrezza |
| Boschi e brughiere del pianalto milanese-varesino |
| Bosco della Fontana |
| Bosco di Vanzago e Parco del Roccolo |
| Campo dei Fiori |
| Canto di Pontida |
| Cave rinaturalizzate dell'Oltrepò pavese |
| Colli di Bergamo |
| Collina di San Colombano |
| Colline del Sebino orientale |
| Colline del Varesotto e dell'alta Brianza |
| Colline gardesane |
| Costiera del Lario sud-occidentale |
| Dorsale Lecco - Caprino |
| Fascia centrale dei fontanili |
| Fascia dei fontanili |
| Fiume Adda |
| Fiume Brembo |
| Fiume Chiese e colline di Montichiari |
| Fiume Lambro meridionale |
| Fiume Mella e collina di Sant'Anna |
| Fiume Mincio e Laghi di Mantova |
| Fiume Oglio |
| Fiume Po |
| Fiume Serio |
| Fiume Tresa |
| Fondovalle della media Valcamonica |
| Fondovalle della media Valtellina |
| Grigne |
| Groane |
| Lago Maggiore |
| Lago di Como |
| Lago di Garda |
| Lago di Iseo |
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| Lepontine comasche |
| Lomellina |
| Mincio e Laghi di Mantova |
| Mont'Orfano |
| Monte Alto |
| Monte Guglielmo |
| Monte Prealba |
| Monte Torrezzo e Monte Bronzone |
| Monti Misma, Pranzà e Altino |
| Monti della Valcuvia |
| Monti di Bossico |
| Oltrepò pavese collinare e montano |
| Orobie |
| Paludi di Ostiglia |
| Pian di Spagna, Mezzola, Piano di Chiavenna |
| Piano di Porlezza |
| Po |
| Risaie, fontanili e garzaie del Pavese e del Milan |
| Torbiere di Iseo |
| Triangolo Lariano |
| Val Caffaro e alta Val Trompia |
| Val Sabbia |
| Val Veddasca |
| Val Zerta e Val Bregaglia |
| Valle Imagna e Resegone |
| Valle del Ticino |
| Versante xerico Valtellina |
| Zona umida di Costa Volpino |
| Zone umide di Ponte Caffaro |
